目前，对于棉籽预处理工艺，有二种方案：
第一种是传统的工艺，采用清理、剥壳、壳仁分离、蒸炒、预榨等工序加工，压榨后的饼进浸出车间进行浸出。简易工艺流程如下：

油渣分离→澄油→过滤→清毛油→至精炼
                                         ↑油                     ↑油
脱绒棉籽→清理→剥壳→壳仁分离→轧胚→蒸炒→预榨→机榨饼→至浸出车间→
↓壳 ↑仁        
    壳→二次壳仁分离→壳打包

第二种工艺是最近几年新兴起来，采用直接浸出法制油，主要加工方法是：将光籽经过清理剥壳、壳仁分离后得到棉籽仁，由于棉仁含油量不是很高，一般在20%左右，因此将棉仁采用膨化机进行膨化，然后用烘干机烘干，达到浸出所需的水份，最后送至浸出车间浸出取油。这种工艺的特点是由于棉籽仁没有经过高温蒸炒和压榨，因此出来的粕中蛋白质含量较高。粕的颜色也较好，毛油的颜色也较浅